Cài JAGS trên Linux

May 19, 2014 by Kinh Nguyen

JAGS- Just Another Gibbs Sampler là phần mềm mã nguồn mở cung cấp chức năng tương tự WinBUGS. Tuy nhiên JAGS được biết là tốc độ nhanh hơn, nhất là cho các mô hình ảnh hưởng hỗn hợp (mixed model) hay còn gọi là mô hình theo thứ bậc (hierarchical model). Để cài trên Linux, có thể build từ gói cung cấp trên trang mcmc-jags nhưng thường sẽ gặp các vấn đề về các gói phụ thuộc đi kèm, v.d. các lỗi

installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status
libjags.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

Để cài đặt, thêm 2 PPA sau và cài trực tiếp từ terminal:

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter
sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u

Sau đó cài trực tiếp

sudo apt-get install r-cran-rjags

Hai chức năng đáng chú ý của R2jags so với R2winBUGS

• Khả năng cập nhật lại mô hình đã lưu hoặc cập nhật đến khi mô hình hội tụ với các lệnh

update(mohing, n.iter=100)
autojags(mohinh) # tự động update đến khi hội tụ

• Hiển thị bước lặp đang chạy, với những mô hình phức tạp như đã nói ở trên, thời gian chạy mô hình là rất lâu và đòi hỏi nhiều tài nguyên của máy. Chức năng này giúp người dùng yên tâm là chương trình vẫn đang hoạt động và ước lượng được khoảng thời gian còn lại. V.d. R2jags trên Linux.